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CERVO Grasta Type-IS2S-GM1

[1CPU] 分子動力学計算ソフトウェア「GROMACS」向けワークステーション

最短 20 営業日～出荷3 年間オンサイト・ハードウェア保守

基本ソフト	■ Ubuntu 20.04 LTS インストール代行
分子動力学計算ソフトウェア	■ GROMACS 2021.1 インストール代行
プロセッサー	■ インテル® Xeon® Silver 4214R プロセッサー　　- 12コア（2.4GHz to 3.5GHz）\| 24スレッド　　- 16.5 MB Intel® Smart Cache 　　- PCI Express 3.0（48 レーン）
プロセッサー・クーラー	■ 4U Active CPU Heat Sink
メモリー	■ 48GB（8GB x6）　　- DDR4-2933 \| Registered \| ECC 　　- 8 スロット（6ch）\| 最大 512GB（64GB x8）
ストレージ	■ 1TB M.2 NVMe-SSD 　　- PCI Express 4.0（x4）※ PCIe 3.0 動作　　- 高耐久仕様 ■ 2TB SATA3-HDD 高耐久仕様
グラフィック	■ NVIDIA® GeForce RTX™ 3090 　　- 24GB \| GDDR6X 　　- DisplayPort：2 ポート \| HDMI：2 ポート　　- PCI Express 4.0（x16）※ PCIe 3.0 動作
光学ドライブ	■ DVD スーパー・マルチ
ネットワーク	■ [2 ポート] 10 ギガビット
IPMI	■ ASPEED AST2500（IPMI 2.0）
サウンド	■ 非搭載
電源ユニット	■ 900W / 100V 　　- 80 Plus Gold 認証
入力装置	■ 有線キーボード・マウス（USB 接続）
保証	■ 3 年間センドバック方式ハードウェア保証 ■ 3 年間オンサイト・ハードウェア保守付き

※ 本製品の仕様は、予告無しに変更となる場合があります。

本モデルは販売を終了しました。
後継製品については営業窓口までお問い合わせください。

製品の特徴

標準仕様

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Feature of Product製品特徴

分子動力学計算ソフトウェア「GROMACS」の概要

GROMACS（グローマックス、Groningen Machine for Chemical Simulations、グローニンゲン・マシン・フォー・ケミカル・シミュレーションズ）は、フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージです。現在は世界中の大学と研究所の貢献者によって維持管理されております。フリー、オープンソースソフトウェアであり、GNU General Public License（GPL）と、バージョン4.6からはGNU Lesser General Public License (LGPL) の下で公表されています。

GGROMACSは並列計算を前提としたプログラミングがなされています。プログラムの大部分はC言語で記述されており、同じグループが以前に開発したGROMOS（FORTRAN 77ベース）が参考にされています。バージョン4.6時点において、SSEやAVX、HPC-ACEなどの拡張命令を用いたアセンブリ言語のルーチンが実装されており、高速な計算が可能となっております。

Gromacs向けHPCの選び方

Amberと同じ分子動力学計算ソフトですが、フリーウェアでありCPUやGPUの処理に特化しているため、同じ計算でも高速で演算できるアルゴリズムを持っています。それはAmberと異なり水分子に特化したアルゴリズムを用いていることと無関係ではありません。また、異なる力場のサポートによって非常に柔軟性が高いプログラムになっています。

そのため、Amberと異なりスレッド数が重要で論理プロセッサ数とGPUの数で計算速度が決まってきます。原子数が10000以上でGPUの加速効果が得られるのはAmberと同じです。MPIプロセス1個がGPU1枚に対応するように動作しているため、各MPIプロセスにおけるCPUスレッド数を増やすと使っているGPUの利用率が上がり、実行性能が向上します。

そのためGROMACSの実行性能を最適化するには、
ノード当たりで使用するGPU枚数が1枚の場合はGPUのスペックにコストをかけるべきになり、
ノード当たりで使用するGPU枚数が2枚以上の場合はCPUコア数にコストをかけるべきになります。

Ubuntu 20.04 LTS
インストール代行

インテル® Xeon®
Scalable 第2世代対応

最大 512GB 対応
6ch DDR4-2933

PCI Express 3.0 対応
最大 48 レーン

最大 1 基 NVMe-SSD
PCI Express 3.0 対応

[2 ポート] 10G LAN
[1 ポート] IPMI

900W/100V 電源
80 Plus Gold

3 年間オンサイト
ハードウェア保守

静音性を追求したエアフロー＆吸音シート

デスク回りに設置しても気にならない 35dB の静音性を実現した筐体を採用しています。高い計算能力と排熱能力は維持しつつ、徹底したエアフロー設計で静音性を実現しています。

また、百数十種類の吸音素材の中から独自採用した吸音シートを筐体内部の両側面に張ることで、さらにマイナス 2db の静音を確保しました。ワークステーション専用のサーバールームを必要とせず、デスクサイドで科学技術計算が可能です。

[1 基] インテル® Xeon® スケーラブル・プロセッサー（Cascade Lake）

インテル® Xeon® スケーラブル・プロセッサーは、特別な設計により、既存のワークロードに使用していたものと同じハードウェア上で、複雑な AI ワークロードを柔軟に実行することができます。また第 2 世代インテル® Xeon® スケーラブル・プロセッサーは、新しいインテル® ディープラーニング・ブースト（インテル® DL ブースト）をはじめとする AI アクセラレーションにより、エンベデッド AI パフォーマンスをワンランク上の次元に高めます。

インテル® Xeon® スケーラブル・プロセッサーは、Platinum/Gold/Silver/Bronze のラインナップで構成されています。最上位の Platinum では 2.7GHz/tb4.0GHz で最大 28 コア / 56 スレッドで、2/4/8 ソケット構成をサポート、最大 2TB の DDR4-2933 に対応します。高度な分析、シミュレーションとモデリング、人工知能に対応して最適なパフォーマンスを発揮します。

Gold は最大 24 コア / 48 スレッドを用意し、2/4 ソケット構成をサポート、効率性と俊敏性に優れたワークロードに最適します。Silver は最大 16 コア / 32 スレッドで、中程度のタスク向けに最適化され、Bronze は最大 8 コア / 8 スレッドで、軽量なタスク向けに最適化されています。

最大 512GB / 6 チャンネル構成に対応した Registered-ECC メモリー

最新の DDR4 メモリーで、最大 2,933MT/s の高速化に対応しています。また、8 スロットで、最大で 512GB メモリーを実装できます。（プロセッサー仕様に依存します）

また、6 スロット以上を利用することで、最大 6 チャンネルのメモリー帯域が利用でき、通信速度が向上します。（6 枚単位でのメモリー実装が、速度及びコストパフォーマンスに優れます）

Registered-ECC 機能により、電気信号の清流・増幅で安定したメモリー・アクセス、クラッシュおよびデータの破損からお客様のシステムを保護します。障害の回避、検出、修正、回復、および不具合の特定と再構成によってプラットフォームおよびデータの整合性を向上させ、内蔵された信頼性、可用性、保守性を実現します。

NVIDIA® Ampere™ GPU

NVIDIA® Ampere™ アーキテクチャベースの CUDA コアは、前世代と比較して最大2 倍の単精度浮動小数点（FP32）スループットを実現し、CAE のデスクトップシミュレーションなどのワークロードの 3D モデル開発や単精度計算などのグラフィックワークフローのパフォーマンスを大幅に向上させます。

第 3 世代の Tensor コアはより多くのデータ型を高速化し、構造的スパース性のハードウェアサポートを備え、ネットワークモデルのサイズを縮小して前世代よりも高速なトレーニングスループットを提供するように拡張されています。最新世代の Tensor コアは TensorFloat-32（TF32）とブレイン浮動小数点形式（Bfloat16）の 2 つの新しい精度形式もサポートしています。

※ NVIDIA® グラフィック・ボードの詳細スペックは こちら をご確認ください。

高効率 80 Plus Gold 認証電源

ワークステーションやサーバーの電源が 20% ～ 100% の負荷環境下において、電源交換効率 80% 以上がスタンダードという基準に対して、80 Plus Gold は、90% 以上（50% 負荷時）、87% 以上（20, 100% 負荷時）の効率性を発揮する電源ユニットを標準採用しています。

電力変換効率の向上した電源ユニットは、発熱の減少によって冷却ファンの回転数の低下による静音化や電子部品の劣化低減が可能になり、コンピュータの快適性や省電力性の向上と同時に製品寿命も伸びます。

オンサイト・ハードウェア保守

ワークステーションを構成する部材は、すべて「高耐久」「高品質」仕様で構成しています。標準で 3 年間のセンドバック方式ハードウェア保証 + オンサイト・ハードウェア保守にも対応しています。

通常のセンドバックサービスとは違い、エンジニアがお客様のところに伺って作業を行いますので、弊社に製品をお送りいただくことなくハードウェアの修理作業をお受けいただけます。また、日本全国、お客様の所へお伺いし現地にて修理対応いたします。（※ 沖縄県を除く離島は対象外となります。）

オンサイト・ハードウェア保守の詳しい内容は、こちら をご覧ください。