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CERVO Grasta Type-ES2S-G-GM1 

[2CPU] 分子動力学計算ソフトウェア「GROMACS」向けワークステーション 

最短 15 営業日~出荷3 年間センドバック方式ハードウェア保証

 最大 2CPU 第 2 世代 インテル® Xeon® スケーラブル・プロセッサー搭載
 最大 4TB(256GB x16)メモリ対応(DDR4-2933 / 12 チャンネル)
 最大 2GPU(NVIDIA® GeForce RTX
)対応(PCI Express Gen4(x16))

オペレーティング・システム Ubuntu 20.04 LTS インストール代行
分子動力学計算ソフトウェア GROMACS 2021.1 インストール代行
プロセッサー [2 基] インテル® Xeon® Silver 4210R プロセッサー
(10C | 20T | 2.4GHz | Max3.2GHz | DDR4-2400)
プロセッサー・ファン Active CPU Heat Sink
メモリー 48GB(8GB x6)DDR4-2933 Registered-ECC
ストレージ 960GB M.2 NVMe-SSD(PCI Express Gen3(x4))
光学ドライブ DVD スーパーマルチ
ネットワーク [2 ポート] ギガビット
IPMI IPMI 2.0(LAN ポートの 1 つを兼用)
グラフィック(描画・計算) NVIDIA® Quadro RTX™ A6000 48GB 24GB-GDDR6
(PCI Express Gen4(x16)| DP x4)
電源ユニット 1,000W | 80 Plus Gold 認証
保証 3 年間センドバック方式ハードウェア保証
オンサイト・ハードウェア保守付き

 

※ カスタマイズをご希望の場合は、営業担当までお問い合わせ下さい。

販売価格1,940,400(税込)
Feature of Product製品特徴

分子動力学計算ソフトウェア「GROMACS」の概要

GROMACS(グローマックス、Groningen Machine for Chemical Simulations、グローニンゲン・マシン・フォー・ケミカル・シミュレーションズ)は、フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージです。現在は世界中の大学と研究所の貢献者によって維持管理されております。フリー、オープンソースソフトウェアであり、GNU General Public License(GPL)と、バージョン4.6からはGNU Lesser General Public License (LGPL) の下で公表されています。

GGROMACSは並列計算を前提としたプログラミングがなされています。プログラムの大部分はC言語で記述されており、同じグループが以前に開発したGROMOS(FORTRAN 77ベース)が参考にされています。バージョン4.6時点において、SSEやAVX、HPC-ACEなどの拡張命令を用いたアセンブリ言語のルーチンが実装されており、高速な計算が可能となっております。

Gromacs向けHPCの選び方

Amberと同じ分子動力学計算ソフトですが、フリーウェアでありCPUやGPUの処理に特化しているため、同じ計算でも高速で演算できるアルゴリズムを持っています。それはAmberと異なり水分子に特化したアルゴリズムを用いていることと無関係ではありません。また、異なる力場のサポートによって非常に柔軟性が高いプログラムになっています。

そのため、Amberと異なりスレッド数が重要で論理プロセッサ数とGPUの数で計算速度が決まってきます。原子数が10000以上でGPUの加速効果が得られるのはAmberと同じです。MPIプロセス1個がGPU1枚に対応するように動作しているため、各MPIプロセスにおけるCPUスレッド数を増やすと使っているGPUの利用率が上がり、実行性能が向上します。

そのためGROMACSの実行性能を最適化するには、
ノード当たりで使用するGPU枚数が1枚の場合はGPUのスペックにコストをかけるべきになり、
ノード当たりで使用するGPU枚数が2枚以上の場合はCPUコア数にコストをかけるべきになります。

国内自社工場(福岡市)で熟練エンジニアによる生産

高い性能と耐久性を求められる HPC 製品はもちろんのこと、一般事務などで利用される BTO パソコンについても、お客様が安心してご利用いただけるように、自社品質基準をクリアした部材のみを採用し、企画から製造までを自社工場(福岡市)で一貫して行っています。

また、部材供給メーカーや国内正規代理店とも定期的な品質ミーティングを行い、安定した製品のご提供はもちろんのこと、継続的な品質向上に努めています。万が一、製品が故障した場合でも、より迅速で確実な修理対応を可能にするために、製造工場に隣接するサービス部門と連携した修理体制を整えています。

業界屈指の専用検査プログラムによる品質検査

国内自社工場(福岡市)で生産される HPC 製品・BTO パソコンは、専用検査プログラムによる診断を行っています。プロセッサー、メモリー、ストレージなどのコンピューターを構成する各部材に対して、実際に稼動している時と同じ状態を再現した負荷検査を実施します。

例えば、メモリの診断では定評あるメモリ診断アルゴリズム「Jump」をはじめ、数種類の診断アルゴリズムを駆使してエラーを検出します。こうして、ソフトウェア的に負荷をかけることにより、従来の診断ツールでは発見できなかったエラーの検出も可能になりました。

Standard specification標準仕様
モデル名 APPLIED CERVO Grasta Type-IS2S-G-GM-02
外形寸法 約(W)193 x(D)525.3 x(H)424 mm ※突起部は除く
オペレーティング
システム
標準 Ubuntu 20.04 LTS インストール代行
対応 Ubuntu 20.04 LTS インストール代行
電源ユニット 定格出力 1,000W
ユニット数 1 基
仕様 80 Plus Gold 認証
チップ・セット 名称 インテル® C621 チップ・セット
PCI Express
最大レーン数
20 レーン
セキュリティ・チップ 非搭載
プロセッサー 名称 インテル® Xeon® Silver 4210R プロセッサー
プロセッサー数 2 基
動作周波数 2.4GHz | Max 3.2GHz
コア数 10 コア x2 | 20 スレッド x2
L3 キャッシュ 13.75MB x2
PCI Express
最大レーン数
48 レーン x2
その他 Cascade Lake
プロセッサー・ファン Active CPU Heat Sink
メモリー 標準 48GB(8GB x6)
最大容量 2TB
スロット数 16 スロット(空き:10 スロット)
仕様 DDR4-2666 | Registered-ECC
チャンネル数 6 チャンネル | 最大 12 チャンネル
ストレージ(標準) 容量 960B
規格 M.2 | NVMe-SSD | PCI Express 3.0
ストレージ(増設) 容量 2TB
規格 SATA3 | HDD | 高耐久仕様
回転数 7,200rpm
キャッシュ 128MB
対応 RAID 機能(SATA) RAID 0/1/5/10

※ マザーボードの搭載機能です。
※ OS により対応状況が異なります。
光学ドライブ DVD スーパーマルチ
グラフィック 名称 NVIDIA® Quadro RTX™ A6000
バス規格 PCI Express 4.0
メモリー 48GB | GDDR6
ポート DisplayPort:4 ポート
最大画面出力 最大 4 画面出力
サウンド 仕様 Realtek® ALC888
チャンネル 7.1ch HD Audio
ネットワーク(有線) 名称 ギガビット
インターフェイス ギガビット
ポート数 2 ポート
ネットワーク(IPMI) 名称 IPMI 2.0
インターフェイス RJ45
ポート数 1 ポート(LAN ポートの 1 つを兼用)
各種ポート USB USB3.1 Gen1 Type-A x2(背面)
USB3.0 x6(前面 x2 / 背面x4)
その他 非搭載
拡張ソケット 1 x ウルトラ M.2 ソケット, M Key タイプ 2260/2280/22110
 最大 Gen3 x4 (32 Gb/s) までの M.2 PCIe モジュールに対応

※ 各種カスタマイズに応じて、動作速度の低下や排他仕様となる場合があります。
拡張スロット 4 x PCI Express Gen3(x16 スロット)
2 x PCI Express Gen3(x8 スロット)

※ 各種カスタマイズに応じて、動作速度の低下や排他仕様となる場合があります。
※ スロット形状と動作速度が異なる場合があります。
ドライブ・ベイ 5 インチ・ベイ x2
3.5 インチ・ベイ x1
3.5 インチ・シャドウ・ベイ x4
入力機器 キーボード スタンダード・キーボード ※USB 接続
マウス オプティカル・マウス ※USB 接続
ラックマウント対応 サイズ 非対応
レール・キット -
保証 期間 3 年間
方式 センドバック方式ハードウェア保証

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